在循環中將來自不同腳本的輸出組合到不同的文件中

這是將一個文件中的一整列替換為另一個文件中的單個值以及從R 到 Unix 的 R 傳遞變數的後續操作

我在一個 Unix 腳本中執行多個腳本（Perl、python 和 R），需要將這些腳本的輸出傳遞給 Unix，並結合這些腳本創建的不同文件中的資訊。

我有一個工作程式碼，它結合了上述問題：

呼叫的 R 腳本的輸出getenergie.R是一個文件名。有幾個這樣的文件名被返回，我需要寫入這些文件中的每一個，並將這些文件的第 11 列替換為來自另一個文件 ( COP1A_report1) 的值，稱為 value。

RES=($(./../getenergies.R))
for pdbnames in "${RES[@]}"
do

#write the one value from COP1A_report1 into column 11 of a file and save as TESTING

value=$(awk -F, 'NR==1{print $2;exit}' ./../COP1A_report1) 
awk '{$11 = v} 1' v="$value" ${pdbnames} > TESTING

printf "$value ${pdbnames}\n"
done

我需要的是一種循環的方法，以便它將COP1A_report1（行 $2，第 1 行）中的一個值寫入文件的第 11 列，該文件稱為儲存在中的第一個文件名$pdbnames，將其保存為唯一文件並轉到COP1A_report1（行 $2 ，第 2 行），將其寫入文件的第 11 列，該文件名為儲存的第二個文件名$pdbnames，依此類推…

這樣做最聰明的方法是什麼？我可以想像下面的程式碼，但是語法有問題，我沒有收到任何錯誤，只是一個空值變數*。*

有任何想法嗎？

counter=1
RES=($(./../getenergies.R))
for pdbnames in "${RES[@]}"
do

value=$(awk -F, 'NR==$counter{print $2;exit}' ./../COP1A_report1) #NR=1 needs to be changed to go through the entire list...
awk '{$11 = v} 1' v="$value" ${pdbnames} > TESTING$counter
counter=$(echo $counter+1 |bc)
printf "$value ${pdbnames}\n"
done

您正在嘗試傳遞$counter到 awk 腳本，因此您需要使用雙引號而不是單引號。單引號用於文字字元串，雙引號用於其中包含變數的字元串。

因為您在這裡使用雙引號，這意味著您必須$2像\$2在 awk 腳本中一樣轉義，以便 shell 不會將它的第二個 arg（如果有，否則為空字元串）替換到 awk 腳本中。

value=$(awk -F, "NR==$counter{print \$2;exit}" ./../COP1A_report1

您還應該在使用其他變數時引用它們。例如awk ... > "TESTING$counter"- 在這種情況下，沒有引號是無害的，但總是引用你的變數是一個好習慣。

同樣counter=$(echo "$counter"+1 |bc)- 在這裡不引用是無害的，但仍然是不好的做法。

最後，-v當awk您設置v="$value". 應該-v v="$value"

counter=1
RES=($(./../getenergies.R))
for pdbnames in "${RES[@]}"
do

   value=$(awk -F, "NR==$counter{print \$2;exit}" ./../COP1A_report1)
   awk -v v="$value" '{$11 = v} 1' "$pdbnames" > "TESTING$counter"
   counter=$(echo "$counter"+1 |bc)
   printf "$value $pdbnames\n"

done

引用自：https://unix.stackexchange.com/questions/239157