將表格每一行中的一組值分別分配給 bash 中的命令

我有一個 txt 文件 (input.txt)，其中 3 列由 \t 分隔。

62M__29_length_73210_cov_19.6684    28981-31993    minus
61M__32_length_66572_cov_22.1672    22311-25323    minus
60M__65_length_73281_cov_15.6315    28978-31990    minus
59M__78_length_80030_cov_19.1814    28973-31985    minus
58M__28_length_80029_cov_24.2362    28972-31984    minus
57M__31_length_73253_cov_24.4297    41300-44312    plus
56M__32_length_73450_cov_26.6071    28975-31987    minus
55M__29_length_73232_cov_26.5615    41244-44256    plus
54M__38_length_66570_cov_23.8255    41307-44319    plus

我需要以這種方式使用每一行的值執行命令：

blastdbcmd -db mydatabase -entry "row_1_column_1" -range "row_1_column_2" -strand "row_1_column_3" -out out.fa

例如，對於第 1 行，它將是：

blastdbcmd -db mydatabase -entry 62M__29_length_73210_cov_19.6684 -range 28981-31993 -strand minus -out out.fa

與bash：

while IFS=$'\t' read -r entry range strand; do
 blastdbcmd -db mydatabase -entry "$entry" -range "$range" -strand "$strand" -out out.fa
done <input.txt

逐行讀取輸入文件並將每一行拆分為三個由製表符分隔的變數。然後使用這些變數執行命令。

cat 將輸入文件轉換為 xargs 並重新格式化為所需的命令行。然後我們將命令行提供給 bash 並將標準輸出儲存在 out.fa 日誌文件中。

cat input.txt | xargs -r -l printf \
'blastdbcmd -db mydatabase -entry %s -range %s  -strand %s\n' | bash > out.fa

引用自：https://unix.stackexchange.com/questions/590180