bash 腳本從使用“samtools”的多個輸入文件中查找結果到新的輸出 csv 文件

我有與生物資訊學相關的查詢。我有多個 bam 文件，從每個 bam 文件中我應該找出每個帶有 id 的 bam 文件的映射讀取數，為此我有命令

$ samtools view -c -f 1 -F 12 HG00173.chrom11.ILLUMINA.bwa.FIN.low_coverage.20111114.bam

為此，我得到的輸出為 1222456。

我的要求是，我應該得到一個 csv 文件中所有輸入 bam 文件的輸出，該文件有 2 列，命名列 1) Bam-id，列 2) No_of_mapped_reads。

也許是這樣的：

parallel --tag samtools view -c -f 1 -F 12 ::: *.bam

如果這不是您想要的，請使用範例輸入和範例輸出更新您的問題。

引用自：https://unix.stackexchange.com/questions/547059