Bash

按數字順序重新排列字元串

  • August 11, 2017

我有多個這樣的文本文件:

>nexus0013_Pseudomonas_59M
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGCTAGGTGCCCTGCGCTTCCCTGTGGCTGCCGCCTGGGCCGCCGAGCTCCGCCAGGAACTGCCGGGGGGCACGCAGACCTGGAGCAGCGAAGAACTGCTCAGGCATCCGCAGGCCCGCGACCTGGACATCCCGGCCGACGTCGCCTACCGCCGGAACATGCGCTACCGCGCCGTGCCACTGGCGGCCTTGTTGAAAGGCGTGCATCCCGAAGACCATTTGCAGGCCGTGGCCAGCGATGGCTTCGCCGCCGAGTTGCCGGCCGCCCCGCTGCTCGCCGAACAGGGCTCGCAAGCCTGGCTGGCGATAGAGGATCCGCAGCGCCCCTGGCCGCCGTTGGGCGCCGGCAAGCCGTCCGCCGGGCCGTTCTATCTGGTCTGGAGCAAACCCGAGGAAAAACGCATCGGTCCGGAGCAATGGCCCTTCCAGGTCGTCCGCATCCGCTATCAGCCCCCTCTGGCCGAACGCTTCCCGGCCCTGCTGCCGGCCGCCGACGCCAGCGCGGAAGTGCGCGCCGGCTTCGCCGTGTTCCAGAAGAACTGCCTGGCCTGCCACCGTCTCAACGGTGCCGGCGACGCCCAGTTCGGCCCGGACCTGAACCTGCCGTACAACCCCACCGAGTACTTCCAGCCGCAATTCCTCTCCCGCTACATCCGCGACCCGCAGGCGCTGCGGCAATGGCCACAGGCGAAAATGCCGGCGTTCCCGGAACGGGTGATCGACGACCAGGAGTTGCGCCAGTTGATCGGCTACTTGCGCCACATGGCCGGCCGCAAGGCGGGCGCGGCCGGCTGA
>nexus0013_Pseudomonas_62M
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>nexus0013_Pseudomonas_53M
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>nexus0013_Pseudomonas_54M
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>nexus0013_Pseudomonas_55M
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>nexus0013_Pseudomonas_57M
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>nexus0013_Pseudomonas_58M
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>nexus0013_Pseudomonas_60M
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>nexus0013_Pseudomonas_61M
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我想在下一行中對標題(“>”之後的所有內容)及其相應的序列進行排序,以便它們最終以升序排列,如下所示:

>nexus0013_Pseudomonas_53M
ATGCCTGTCACTCTCCCGCGCCTGGCGTTGCTAGGTGCCCTGCTCTTCCCTGTGGCTGCCGCCTGGGCCGCCGAGCTCCGCCTGGAACTGCCGGGGGGCACGCAGACCTGGAGCAGCGAAGAACTGCTCAGGCATCCGCAGGCCCGCGACCTGGACATCCCGGCCGACGTCGCCTACCGCCGGAACATGCGCTACCGCGCCGTGCCACTGGCGGCCTTGTTGAAAGGCGTGCATCCCGAAGACCATTTGCAGGCCGTGGCCAGCGATGGCTTCGCCGCCGAGTTGCCGGCCGCCCCGCTGCTCGCCGAACAGGGCTCGCAAGCCTGGCTGGCGATAGAGGATCCGCAGCGCCCCTGGCCGCCGTTGGGCGCCGGCAAGCCGTCCGCCGGGCCGTTCTATCTGGTCTGGAGCAAACCCGAGGAAAAACGCATCGGTCCGGAGCAATGGCCCTTCCAGGTCGTCCGCATCCGCTATCAGCCCCCTCTGGCCGAACGCTTCCCGGCCCTGCTGCCGGCCGCCGACGCCAGCGCGGAAGTGCGCGCCGGCTTCGCCGTGTTCCAGAAGAACTGCCTGGCCTGCCACCGTCTCAACGGTGCCGGCGACGCCCAGTTCGGCCCGGACCTGAACCTGCCGTACAACCCCACCGAGTACTTCCAGCCGCAATTCCTCTCCCGCTACATCCGCGACCCGCAGGCGCTGCGGCAATGGCCACAGGCGAAAATGCCGGCGTTCCCGGAACGGGTGATCGACGACCAGGAGTTGCGCCAGTTGATCGGCTACTTGCGCCACATGGCCGGCCGCAAGGCGGGCGCGGCCGGCTGA
>nexus0013_Pseudomonas_54M
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>nexus0013_Pseudomonas_55M
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>nexus0013_Pseudomonas_57M
ATGCCTGTCACTCTCCCGCGCCTGGCGTTGCTAGGTGCCCTGCTCTTCCCTGTGGCTGCCGCCTGGGCCGCCGAGCTCCGCCTGGAACTGCCGGGGGGCACGCAGACCTGGAGCAGCGAAGAACTGCTCAGGCATCCGCAGGCCCGCGACCTGGACATCCCGGCCGACGTCGCCTACCGCCGGAACATGCGCTACCGCGCCGTGCCACTGGCGGCCTTGTTGAAAGGCGTGCATCCCGAAGACCATTTGCAGGCCGTGGCCAGCGATGGCTTCGCCGCCGAGTTGCCGGCCGCCCCGCTGCTCGCCGAACAGGGCTCGCAAGCCTGGCTGGCGATAGAGGATCCGCAGCGCCCCTGGCCGCCGTTGGGCGCCGGCAAGCCGTCCGCCGGGCCGTTCTATCTGGTCTGGAGCAAACCCGAGGAAAAACGCATCGGTCCGGAGCAATGGCCCTTCCAGGTCGTCCGCATCCGCTATCAGCCCCCTCTGGCCGAACGCTTCCCGGCCCTGCTGCCGGCCGCCGACGCCAGCGCGGAAGTGCGCGCCGGCTTCGCCGTGTTCCAGAAGAACTGCCTGGCCTGCCACCGTCTCAACGGTGCCGGCGACGCCCAGTTCGGCCCGGACCTGAACCTGCCGTACAACCCCACCGAGTACTTCCAGCCGCAATTCCTCTCCCGCTACATCCGCGACCCGCAGGCGCTGCGGCAATGGCCACAGGCGAAAATGCCGGCGTTCCCGGAACGGGTGATCGACGACCAGGAGTTGCGCCAGTTGATCGGCTACTTGCGCCACATGGCCGGCCGCAAGGCGGGCGCGGCCGGCTGA
>nexus0013_Pseudomonas_58M
ATGCCTGTCACTCTCCCGCGCCTGGCGTTGCTAGGTGCCCTGCTCTTCCCTGTGGCTGCCGCCTGGGCCGCCGAGCTCCGCCTGGAACTGCCGGGGGGCACGCAGACCTGGAGCAGCGAAGAACTGCTCAGGCATCCGCAGGCCCGCGACCTGGACATCCCGGCCGACGTCGCCTACCGCCGGAACATGCGCTACCGCGCCGTGCCACTGGCGGCCTTGTTGAAAGGCGTGCATCCCGAAGACCATTTGCAGGCCGTGGCCAGCGATGGCTTCGCCGCCGAGTTGCCGGCCGCCCCGCTGCTCGCCGAACAGGGCTCGCAAGCCTGGCTGGCGATAGAGGATCCGCAGCGCCCCTGGCCGCCGTTGGGCGCCGGCAAGCCGTCCGCCGGGCCGTTCTATCTGGTCTGGAGCAAACCCGAGGAAAAACGCATCGGTCCGGAGCAATGGCCCTTCCAGGTCGTCCGCATCCGCTATCAGCCCCCTCTGGCCGAACGCTTCCCGGCCCTGCTGCCGGCCGCCGACGCCAGCGCGGAAGTGCGCGCCGGCTTCGCCGTGTTCCAGAAGAACTGCCTGGCCTGCCACCGTCTCAACGGTGCCGGCGACGCCCAGTTCGGCCCGGACCTGAACCTGCCGTACAACCCCACCGAGTACTTCCAGCCGCAATTCCTCTCCCGCTACATCCGCGACCCGCAGGCGCTGCGGCAATGGCCACAGGCGAAAATGCCGGCGTTCCCGGAACGGGTGATCGACGACCAGGAGTTGCGCCAGTTGATCGGCTACTTGCGCCACATGGCCGGCCGCAAGGCGGGCGCGGCCGGCTGA
>nexus0013_Pseudomonas_59M
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGCTAGGTGCCCTGCGCTTCCCTGTGGCTGCCGCCTGGGCCGCCGAGCTCCGCCAGGAACTGCCGGGGGGCACGCAGACCTGGAGCAGCGAAGAACTGCTCAGGCATCCGCAGGCCCGCGACCTGGACATCCCGGCCGACGTCGCCTACCGCCGGAACATGCGCTACCGCGCCGTGCCACTGGCGGCCTTGTTGAAAGGCGTGCATCCCGAAGACCATTTGCAGGCCGTGGCCAGCGATGGCTTCGCCGCCGAGTTGCCGGCCGCCCCGCTGCTCGCCGAACAGGGCTCGCAAGCCTGGCTGGCGATAGAGGATCCGCAGCGCCCCTGGCCGCCGTTGGGCGCCGGCAAGCCGTCCGCCGGGCCGTTCTATCTGGTCTGGAGCAAACCCGAGGAAAAACGCATCGGTCCGGAGCAATGGCCCTTCCAGGTCGTCCGCATCCGCTATCAGCCCCCTCTGGCCGAACGCTTCCCGGCCCTGCTGCCGGCCGCCGACGCCAGCGCGGAAGTGCGCGCCGGCTTCGCCGTGTTCCAGAAGAACTGCCTGGCCTGCCACCGTCTCAACGGTGCCGGCGACGCCCAGTTCGGCCCGGACCTGAACCTGCCGTACAACCCCACCGAGTACTTCCAGCCGCAATTCCTCTCCCGCTACATCCGCGACCCGCAGGCGCTGCGGCAATGGCCACAGGCGAAAATGCCGGCGTTCCCGGAACGGGTGATCGACGACCAGGAGTTGCGCCAGTTGATCGGCTACTTGCGCCACATGGCCGGCCGCAAGGCGGGCGCGGCCGGCTGA
>nexus0013_Pseudomonas_60M
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>nexus0013_Pseudomonas_61M
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>nexus0013_Pseudomonas_62M
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*有時會缺少數字,例如本例中的 56M

使用sed

sed -i -e 's/ /\n/' <(sort -n <(sed -e 'N;s/\n/ /' in.txt))

說明:

  • 零件,將sed -e 'N;s/\n/ /' in.txt每兩條線用一個空格連接在一起
  • 部分,sort -n執行數字排序
  • 然後sed -e 's/ /\n/',我們根據之間的單個空格將行拆分為兩條單獨的行。
  • -i更改就地寫入輸入文件,使用-i.bak將首先從輸入文件備份。
awk '/^>/ { printf "%s ",$0; next; } { print; }' file1 | 
   sort -n |
   awk '{ print $1; print $2; }'

引用自:https://unix.stackexchange.com/questions/385371