使用 bash 循環執行在命令行中使用單引號的程序，其中單引號使 bash 腳本的意圖無效

問題：

我希望能夠在 bash 循環中對目錄中的每個 .fna 文件執行程序，但我還希望輸出文件的名稱具有相同的文件名（不帶副檔名），問題是程序使用單引號指定其輸出文件。所以當我執行我的腳本時，它只列印一個名為：

outputfile

編碼：

for fna in $(find . -name "*.fna")
do
   outputname = ${fna%.fna}
   outputfile = $outputname.rrna
   barrnap $fna --outseq 'outputfile'
done

範例輸入

一個名為：

GCF_000003135.1_ASM313v1_genomic.fna

以內容為例：

>NZ_GG666849.1 Bifidobacterium longum subsp. longum ATCC 55813 SCAFFOLD1, whole genome shotgun 
sequence
AACCCCGTGGAGTTCACACAACAAGGTGTATTTAGTCAAGTCGGTGTTTCGTGTTTCGTCACTGATTTTTTTCACTGCGG
AAA

期望的輸出：

程序的輸出文件名為：

GCF_000003135.1_ASM313v1_genomic.rrna

我為這個混亂道歉，我很難想到解釋問題的最佳方式，如果有人可以向我建議改進標題，我會立即改變它。

該程序不使用單引號。單引號用於防止 shell 對引用的字元串執行變數擴展。在呼叫程序之前，shell 將刪除引號。

在這種情況下，單引號什麼都不做，因為它們引用的字元串只是一個普通字元串，沒有供 shell 執行的擴展（這是您的程式碼中的錯誤，您可能希望$outputfile使用雙引號）。

如果您的文件在目前目錄中（並且只在目前目錄中），您可以這樣做

for fasta in ./*.fna; do
   barrnap --outseq "${fasta%.fna}.rrna" "$fasta"
done

或者，使用中間變數，

for fasta in ./*.fna; do
   outfile="${fasta%.fna}.rrna"
   barrnap --outseq "$outfile" "$fasta"
done

這裡我們使用雙引號而不是單引號，因為我們希望shell 在其中執行擴展。barrnap我還按照手冊將輸入文件名移到了呼叫的命令行末尾。

如果您的文件位於目前目錄中的任意數量的子目錄中，並且您需要使用find，那麼不要循環輸出，find而是讓find呼叫您的程序：

find . -type f -name '*.fna' -exec sh -c '
   for fasta do
       barrnap --outseq "${fasta%.fna}.rrna" "$fasta"
   done' sh {} +

在這裡，find它就像 shell 循環的路徑名生成器。

有關的：

• 為什麼循環查找的輸出是不好的做法？
• 了解 find 的 -exec 選項

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您的程式碼也有幾個語法錯誤，因為分配應該在=. 此外，變數擴展應該用雙引號引起來。

引用自：https://unix.stackexchange.com/questions/466724