xargs 與帶有多個佔位符的 bash -c 結合使用

我正在組合ls，xargs並bash -c在多個輸入文件（其名稱與模式匹配）上執行特定程序barcode0[1-4].fastq。

我正在呼叫的程序xargs稱為krocus，下面是我用來使用單個佔位符（用於多個輸入文件）呼叫該程序的程式碼：

ls barcode0[1-4].fastq |cut -d '.' -f 1|xargs -I {} bash -c "krocus --verbose --output_file out_krocus/{}_Ecoli1.txt /nexusb/Gridion/MLST_krocus_DBs/e_coli1 {}.fastq

在上面的程式碼中，我的佔位符是我想在 ie 上呼叫 krocus 的文件barcode0[1-4].fastq。我現在想添加第二個佔位符，它將傳遞給--kmerkrocus 的參數。對於這個參數，我想傳遞數字seq 12 14，即 12、13 和 14。在這個例子中，我想創建總共 12 個文件（這意味著我想組合--kmer四個輸入文件的三個值）

下面是我想像這個程式碼在參數佔位符下的樣子kmer：

ls barcode0[1-4].fastq |cut -d '.' -f 1|xargs -I {} bash -c "krocus --verbose --output_file out_krocus/{placeholderForInputFile}_{placeholderForKmerSize}Ecoli1.txt /nexusb/Gridion/MLST_krocus_DBs/e_coli1 --kmer {placeholderForKmerSize} {placeholderForInputFile}.fastq

問題是我需要通過管道輸出兩個命令，即ls barcode0[1-4].fastq和seq 12 14

1. 不要解析 ls
2. xargs不支持兩個佔位符。
3. 使用 for 循環。實際上，有兩個循環（一個用於文件名，一個用於 12..14 序列）。

例如：

#!/bin/bash

for f in barcode0[1-4].fastq; do
 bn="$(basename "$f" .fastq)"
 for k in {12..14}; do
   krocus --verbose --output_file "out_krocus/${bn}_${k}Ecoli1.txt" \
     /nexusb/Gridion/MLST_krocus_DBs/e_coli1 --kmer "$k" "$f"
 done
done

使用 GNU Parallel 它看起來像這樣：

parallel krocus --verbose --output_file out_krocus/{1.}_{2}Ecoli1.txt /nexusb/Gridion/MLST_krocus_DBs/e_coli1 --kmer {2} {1} ::: barcode0[1-4].fastq ::: {12..14}

引用自：https://unix.stackexchange.com/questions/543214