Unix折疊命令行為異常
所以我有這個fasta（生物學）文件，看起來像這樣：
>m64093_191209_130050/133911/ccs_64 TTCAGGCTGTGTTCCATTTGATTTAAAATCAAATAATTTCATTCGCGTCAGAACACCTGGTTTCACGACC ATAAATAATTTACCAGTGAATCGAGGCTCAATTATAGATCCTCGGACGCGAGTTCTCGGTTGACGAGTGG GATTCGAATTATTTTTCACCGAAAATTTTAGTCGACGAGTTCAGATAAATTTGTTCGGGATAAAATCATC TGAGTAGGTCGGGCTTCTGAATTTCGTATTCTTGCGAGCAATGAATTTTAAATAATCATCGGACATACCA ATTTTTGGAACAATAATGTTCCGAACATCCCGAAAATATAGGAAGAGCCCGGATAGATAAAAATAAACAC每行最長為 70 個字元。通常，如果我想將其格式化為最多 50 個字元，我使用：
fold -50 input.fasta > output.fasta # 也試過 -b 和 -w args
但不知何故，這是行不通的。該文件看起來與我見過的許多其他文件完全相同。輸出現在如下所示：
>m64093_191209_130050/133911/ccs_64 TTCAGGCTGTGTTCCATTTGATTTAAAATCAAATAATTTCATTCGCGTCA GAACACCTGGTTTCACGACC ATAAATAATTTACCAGTGAATCGAGGCTCAATTATAGATCCTCGGACGCG AGTTCTCGGTTGACGAGTGG GATTCGAATTATTTTTCACCGAAAATTTTAGTCGACGAGTTCAGATAAAT TTGTTCGGGATAAAATCATC TGAGTAGGTCGGGCTTCTGAATTTCGTATTCTTGCGAGCAATGAATTTTA AATAATCATCGGACATACCA ATTTTTGGAACAATAATGTTCCGAACATCCCGAAAATATAGGAAGAGCCC它剪切了突出的 20 個字元並將它們正確放置在下面，但是它沒有加入下一行並將其剪切到最多 50 個字元上。
我回到之前創建的 fasta 文件， fold 命令仍然正常工作。如果我複制新文件的一部分並將其粘貼到另一個文件中，問題仍然存在。
我認為可能存在我不知道的編碼問題。任何人都可以幫忙嗎？
乾杯，
編輯：很好的答案，謝謝！
您的問題與文件的編碼無關。該
fold實用程序非常原始，可以以特定長度斷開線條，但它不會連接線條。您可能還需要小心保留 fasta 標題行（即，不要折疊這些）。
awk -v W=50 ' /^>/ { if (seq != "") print seq; print; seq = ""; next } { seq = seq $1 while (length(seq) > W) { print substr(seq, 1,W) seq = substr(seq, 1+W) } } END { if (seq != "") print seq }' file.fa此
awk命令會將您的序列重新格式化為 50 個字元，而標題行保持不變。寬度 50 可以通過W變數進行調整，並且可以設置為任何正整數。程式碼中的第一個塊處理標題行，並將輸出前一個序列中累積的序列位（如果有任何剩餘要輸出），然後將標題行未經修改地傳遞到輸出。
第二個塊累積一行序列，如果它足夠長，可能會以適當的塊輸出累積的序列。
最後一個塊 (
END) 在到達輸入末尾時輸出任何剩餘的序列。在包含兩個序列副本的文件上執行此命令將產生
>m64093_191209_130050/133911/ccs_64 TTCAGGCTGTGTTCCATTTGATTTAAAATCAAATAATTTCATTCGCGTCA GAACACCTGGTTTCACGACCATAAATAATTTACCAGTGAATCGAGGCTCA ATTATAGATCCTCGGACGCGAGTTCTCGGTTGACGAGTGGGATTCGAATT ATTTTTCACCGAAAATTTTAGTCGACGAGTTCAGATAAATTTGTTCGGGA TAAAATCATCTGAGTAGGTCGGGCTTCTGAATTTCGTATTCTTGCGAGCA ATGAATTTTAAATAATCATCGGACATACCAATTTTTGGAACAATAATGTT CCGAACATCCCGAAAATATAGGAAGAGCCCGGATAGATAAAAATAAACAC >m64093_191209_130050/133911/ccs_64 TTCAGGCTGTGTTCCATTTGATTTAAAATCAAATAATTTCATTCGCGTCA GAACACCTGGTTTCACGACCATAAATAATTTACCAGTGAATCGAGGCTCA ATTATAGATCCTCGGACGCGAGTTCTCGGTTGACGAGTGGGATTCGAATT ATTTTTCACCGAAAATTTTAGTCGACGAGTTCAGATAAATTTGTTCGGGA TAAAATCATCTGAGTAGGTCGGGCTTCTGAATTTCGTATTCTTGCGAGCA ATGAATTTTAAATAATCATCGGACATACCAATTTTTGGAACAATAATGTT CCGAACATCCCGAAAATATAGGAAGAGCCCGGATAGATAAAAATAAACAC改為
W30 給出>m64093_191209_130050/133911/ccs_64 TTCAGGCTGTGTTCCATTTGATTTAAAATC AAATAATTTCATTCGCGTCAGAACACCTGG TTTCACGACCATAAATAATTTACCAGTGAA TCGAGGCTCAATTATAGATCCTCGGACGCG AGTTCTCGGTTGACGAGTGGGATTCGAATT ATTTTTCACCGAAAATTTTAGTCGACGAGT TCAGATAAATTTGTTCGGGATAAAATCATC TGAGTAGGTCGGGCTTCTGAATTTCGTATT CTTGCGAGCAATGAATTTTAAATAATCATC GGACATACCAATTTTTGGAACAATAATGTT CCGAACATCCCGAAAATATAGGAAGAGCCC GGATAGATAAAAATAAACAC >m64093_191209_130050/133911/ccs_64 TTCAGGCTGTGTTCCATTTGATTTAAAATC AAATAATTTCATTCGCGTCAGAACACCTGG TTTCACGACCATAAATAATTTACCAGTGAA TCGAGGCTCAATTATAGATCCTCGGACGCG AGTTCTCGGTTGACGAGTGGGATTCGAATT ATTTTTCACCGAAAATTTTAGTCGACGAGT TCAGATAAATTTGTTCGGGATAAAATCATC TGAGTAGGTCGGGCTTCTGAATTTCGTATT CTTGCGAGCAATGAATTTTAAATAATCATC GGACATACCAATTTTTGGAACAATAATGTT CCGAACATCCCGAAAATATAGGAAGAGCCC GGATAGATAAAAATAAACAC您可能還對CSHL的 FASTX-Toolkit感興趣。我自己從未使用過它，但它似乎包含一個“FASTA 格式化程序（更改 FASTA 文件中序列行的寬度）”。這些工具的最新版本來自 2014 年（相當舊），因此您可能希望自己從原始碼編譯它們，而不是使用提供的預編譯二進製文件之一，除非您的特定 Unix 發行版提供了一個包（檢查您的包儲存庫）。