Docker

在 docker run 命令中引用 s3

  • January 22, 2021

我正在嘗試docker使用來自不同s3儲存桶的內容測試本地圖像並獲得:

docker: invalid reference format

ec2可以看到儲存桶,s3我可以 ls 和cp其中的內容,但是文件很大,所以我想避免-v和引用本地文件。. 謝謝 :)。

docker run <image> HaplotypeCaller  \
-R <s3_bucket1> \
-I <s3_bucket2> \
-L <s3_bucket3> \
-O <s3_bucket1>

您可以使用https://github.com/s3fs-fuse/s3fs-fuse掛載 S3 儲存桶,然後綁定卷並在 Docker 容器中使用它,如下所示:

jdsalaro$ sudo apt install s3fs

或在 OSx 上:

brew install --cask osxfuse
brew install s3fs

然後掛載您的 S3 儲存桶並使用掛載點作為卷執行您的容器:

jdsalaro$ s3fs helloworld /tmp/s3fs/
jdsalaro$ docker run -v /tmp/s3fs/:/tmp/s3fs alpine ls -Rl /tmp/
/tmp/:
total 1
drwx------    1 root     root             0 Jan  1  1970 s3fs

/tmp/s3fs:
total 1
drwxr-x---    1 root     root             0 Dec  9 22:17 helloworld

/tmp/s3fs/helloworld:
total 0

引用自:https://unix.stackexchange.com/questions/630388