grep 循環：我使用一個文件的每一行作為查詢來查找匹配另一個文件。為什麼我的輸出不一致？

我有一個query_ids包含幾行的文件，例如：

id1
id2
id3

我grep idx用來查找 id 中的匹配項my_file。

我將這些匹配項重定向到一個新matches文件。

我還使用grepwith 選項-v來獲取重定向到mismatches文件的所有不匹配項。我正在使用這個小腳本：

#!/bin/bash


for i in $(cat query_ids)
do 
   # saving matches 
   grep "$i" my_file >> matches
   # saving mismatches
   grep -v "$i" my_file >> missing
done

我顯然做錯了：當從文件中

手動搜尋一些 id 時，我發現它們存在。 即使該文件應該只包含文件中未找到的id，我確實找到了匹配項。missing``my_file
missing``query_ids``my_file

因此，當選擇一些隨機 id 時，讓我們說 id3 通過 dogrep id3 missing並且grep id3 my_file兩者都返回匹配項。<br>

為什麼我的程式碼將 id3 分配給mismatches文件？

1. 我嘗試刪除周圍的引號，$i但並沒有改變結果。
2. 我還試圖echo "$i"確保 id 實際上是循環的。

我錯過了什麼？

您所做的是獲得一個 ID，例如id1，然後將與該 ID 匹配的所有行提取到matches. 然後將所有不匹配的行提取到missing.

對於下一個 ID ，id2然後將匹配該 ID 的行添加到matches，並將不匹配的行添加id2到missing。

現在，missing包含所有不包含的行id1，然後是所有不包含的行id2。請注意，包含id1不包含的id2行將missing來自循環的第二次迭代。

相反，一次考慮所有 ID：

grep -f query_ids -Fw    my_file >matches
grep -f query_ids -Fw -v my_file >missing

在這裡，我提供grep了query_ids使用-f. 我要求grep將其中的行query_ids視為查詢字元串（-F，即不是正則表達式），並將它們my_file作為整個單詞進行匹配（-w，因此id2不匹配 eg id23）。

第一個命令將提取包含任何 ID 的所有行。第二個命令將提取所有不包含任何 ID 的行。

這裡不需要任何類型的循環。

引用自：https://unix.stackexchange.com/questions/644847