Linux-Mint
無法在 R 上下載包(RStudio 和終端都不是)
我對 linux 很陌生,我唯一的經驗是使用以前屬於其他人的電腦,這意味著一切都已經配置/下載,我在上面的工作沒有問題,這涉及使用一些 GIS 工具和 RStudio。
結果三天前我從老闆那裡收到了一台新電腦,我決定保持傳統並安裝 linux。我所有的同事都在使用 Mint 18.3,所以我下載並安裝了它。事實證明,這並不像我想像的那麼簡單。
在閱讀了這裡發布的一堆論壇和問題之後,我設法更新了我的 sources.list 並插入了一個 CRAN 鏡像以下載最新版本的 R (3.4.4)。RStudio 很快就認出了它。然而,安裝新包幾乎是不可能的,因為即使是“本機”功能,例如導入數據集也被禁用,因為無法下載包。
我嘗試通過終端打開 R 並使用install.packages功能安裝包,但問題仍然存在。如何修復我的 RStudio 以正確安裝軟體包?
下面是日誌的副本(注意我手動指定了鏡像):
> install.packages("Rcpp",repo="https://cloud.r-project.org/", type="source") Installing package into ‘/home/iis/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4’ (as ‘lib’ is unspecified) trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/Rcpp_0.12.16.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 3763400 bytes (3.6 MB) ================================================== downloaded 3.6 MB * installing *source* package ‘Rcpp’ ... ** package ‘Rcpp’ successfully unpacked and MD5 sums checked ** libs g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I../inst/include/ -fpic -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c Date.cpp -o Date.o /bin/bash: g++: command not found /usr/lib/R/etc/Makeconf:168: recipe for target 'Date.o' failed make: *** [Date.o] Error 127 ERROR: compilation failed for package ‘Rcpp’ * removing ‘/home/iis/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/Rcpp’ Warning in install.packages : installation of package ‘Rcpp’ had non-zero exit status
同樣,由於我對 linux 很陌生,我真的不知道應該提供哪些資訊來更好地幫助您,但請記住,一切都可能是預設/出廠設置。如果您需要其他資訊,我可以為您提供(在適當的說明下)
在開始之前,許多 R 包都依賴於以下開發工具,因此請先安裝它們
apt-get install
:r-base-dev
您可以通過 Rstudio 通過工具 > 安裝包安裝 R 包,它們也適用於 R。在以空格或列分隔的欄位中輸入包的名稱。有時,您需要 Bioconductor 來安裝軟體包,您可以在此處找到該資訊:
https://www.bioconductor.org/install/
給你一個概述:
source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite()
這將為包和腳本設置包源 URL 以下載和安裝它們。
biocLite(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi"))
將該語法與用雙引號括起來的包名稱一起使用。然後它將繼續下載和安裝。