為許多文件自動創建腳本

我很難解決這個問題。我有一些基因文件需要過濾。由於我的集群的設置方式，它會在我過濾 VCF 中的所有文件/樣本之前超時。因此，這意味著我必須手動編寫接近 1,250 個腳本才能正確執行此操作。顯然，可以在 Notepad++ 中複製粘貼和手動更改它們以獲得正確的染色體，但我不希望整天坐在辦公桌前做 CTRL-C、CTRL-H、CTRL-S。我想自動化這個，所以我可以獲取基本腳本，修改我需要的內容，並將它們保存到一個新文件中。我已經掌握了基礎知識，但我不確定如何將所有這些編譯在一起，而Google讓我無處可去。

我的文件如下所示：

   #!/bin/bash
   #SBATCH stuff

   cd /Where/My/Stuff/Is/

   while read i; do

   ./bcftools view Chrom1.vcf --options-for-bcftools -S 
   /Where/My/Samples/Are/${i}_Samples.txt -o 
   /Where/I/Want/NewFile/To/Go/${i}_Chrom1.vcf; done < /Where/My/Samples/Are/FullSampleList.txt

我在想什麼，以及我需要輸入的地方是：

   for x in {1..22}; do

   cat Script1.sh

   sed 's/./bcftools view Chrom${x}.vcf --options-for-bcftools -S /Where/My/Samples/Are/${i}_Samples.txt -o /Where/I/Want/NewFile/To/Go/${i}_Chrom1.vcf; done < /Where/My/Samples/Are/FullSampleList.txt Script1.sh > Script2.sh; done

我真的可以使用一些幫助。結果腳本名稱應為 Script

$$ previousnumber+1 $$.sh，因此文件名將以 1 為增量增加。必須有一種方法可以做到這一點，我無法想像人們會整天坐著複製粘貼，如果他們需要送出數百個腳本來處理特定問題文件。

我相信你正在尋找這樣的東西：

#!/bin/bash

## Set the scriptHeader variable to hold the SBATCH commands you need
read -r -d '' scriptHeader <<EoF
#!/bin/bash

#SBATCH line 1
#SBATCH line 2
#SBATCH line 3
EoF

stuffPath=/Where/My/Stuff/Is
samplePath=/Where/My/Samples/Are
outputPath=/Where/I/Want/NewFile/To/Go


while read sampleName; do
 for ((chr=1; chr<=22; chr++)); do 
   command="$stuffPath/bcftools view"
   inVCF="$thisSamplePath/$chr.vcf"
   thisSamplePath="$samplePath/${sampleName}_Samples.txt"
   thisOutputPath="$outputPath/${sampleName}_Chrom${chr}.vcf"

   printf '%s\n%s "%s" -S "%s" -o "%s"\n' "$scriptHeader" \
          "$command" "$inVCF"\
          "$thisSamplePath/$chr.vcf" \
          "$thisOutputPath" > "$stuffPath/$sampleName.$chr.sh"
 done
done < "$samplePath"/FullSampleList.txt 

這將為"$samplePath"/FullSampleList.txt. 每個文件將如下所示：

#!/bin/bash
SBATCH line 1
SBATCH line 2
SBATCH line 3
/Where/My/Stuff/Is/bcftools view "/Where/My/Samples/Are/ACB_YRI_Samples.txt/6.vcf" -S "/Where/My/Samples/Are/ACB_YRI_Samples.txt/6.vcf" -o "/Where/I/Want/NewFile/To/Go/ACB_YRI_Chrom6.vcf"

引用自：https://unix.stackexchange.com/questions/696159