批量重命名文件名，包括舊文件名的一部分

我有以下文件列表；

11F.fastq.gz
11R.fastq.gz
12F.fastq.gz
12R.fastq.gz

我想將這些文件名重命名為以下內容；

11_S11_L001_R1_001.fastq.gz
11_S11_L001_R2_001.fastq.gz
12_S12_L001_R1_001.fastq.gz
12_S12_L001_R2_001.fastq.gz

我嘗試reanme如下

rename 's/F.fastq/_S_L001_R1_001.fastq/' *.gz
rename 's/R.fastq/_S_L001_R2_001.fastq./' *.gz

但我不太清楚如何在“S”之後添加文件編號（在這種情況下為 11 和 12）。任何指針將不勝感激。

您可以擷取變數部分 ( (...)) 並使用反向引用 ( $1)：

rename -n 's/(\d+)F\.fastq/$1_S$1_L001_R1_001.fastq/' *F.fastq.gz
rename -n 's/(\d+)R\.fastq/$1_S$1_L001_R2_001.fastq/' *R.fastq.gz

-n如果您對輸出感到滿意，請刪除。

zsh有自己的內置批量重命名工具：zmv可作為自動載入功能使用。

autoload -Uz zmv
typeset -A map=(F 1 R 2)
zmv -n '(<->)([FR])(.fastq.gz)' '${1}_S${1}_L001_R$map[$2]_001$3'

（如果滿意，請刪除-n（試執行））。

或者使用標量map=FR並使用該字元串中字母的索引進行替換：

map=FR
zmv -n "(<->)([$map])(.fastq.gz)" '${1}_S${1}_L001_R$map[(Ie)$2]_001$3'

引用自：https://unix.stackexchange.com/questions/692426