Linux
根據來自另一列的指令更改列中的字元
我正在嘗試設置一個腳本，該腳本將根據我在 NGS 數據中找到的變體將密碼子序列轉換為另一個密碼子序列。
目前，我的腳本創建一個製表符分隔的輸出文件，有 6 列。每列代表以下內容：
- 第一：基因組位置
- 第二：核苷酸鹼基
- 第三：密碼子
- 第四：密碼子中的基因組位置順序
- 5th：SNP頻率
- 第六名：SNP基地
輸出數據如下所示：
2289 G GTG 3 0.0346505 A 2478 G ATG 2 0.0054087 C是否可以在輸出文件中設置第 7 列，根據第 4 列中的數字將密碼子的核苷酸序列更改為 SNP 核苷酸（第 6 列）？
例如，
- 對於基因組位置 2289：
密碼子 GTG 將變為 GTA。SNP 核苷酸 A 替換密碼子中的第 3 個核苷酸序列，密碼子序列順序在第 4 列中指定。
- 對於基因組位置 2478
密碼子 ATG 將變為 ACG。SNP 核苷酸 C 取代了密碼子中的第二個核苷酸序列。
是否可以使用
awk或sed執行此操作？
對“是否有可能……”這個問題只回答“是”是如此誘人。
這樣的事情會做嗎？
awk '{l=substr($3,1,$4-1); r=substr($3,$4+1); print $0"\t"l $6 r}' genome > mutated
處理字元串中允許的位置：
awk -F"\t" '{printf $0 "\t"; if ($4 > 1) { printf substr($3, 1, $4 - 1) }; printf $6; if ($4 < length($3)) { printf substr($3, $4 + 1) }; printf "\n"}'或者也許更容易理解：
awk -F"\t" 'BEGIN { OFS = FS } { if ($4 > 1) { mod = substr($3, 1, $4 - 1) }; mod = mod $6; if ($4 < length($3)) { mod = mod substr($3, $4 + 1) }; print $0, mod }'而且由於
substr似乎不太關心邊界：awk -F"\t" 'BEGIN { OFS = FS } { mod = substr($3, 1, $4 - 1) $6 substr($3, $4 + 1); print $0, mod }'