我如何將這些 .vcf 文件同時轉換為 txt

我在一個文件夾中有 136 個 .vcf 文件；我想從它們中提取一些資訊並將輸出寫入 .txt 文件中，如下所示

[fi1d18@cyan01 snp]$ bcftools query -f '%CHROM\t%POS\t%REF\t%ALT[\t%ID]\n' file.vcf > file.txt

我正在手動執行此操作，但需要很長時間；有人可以在任何腳本中幫助我對 Linux 中的所有文件執行此操作嗎？

謝謝

轉到包含文件的文件夾，然後遍歷這些文件。用於"$f"輸入和"${f%.*}.txt"作為輸出文件名

${f%.*}將從文件名中刪除副檔名（via）。

for f in *.vcf; do
   bcftools query -f '%CHROM\t%POS\t%REF\t%ALT[\t%ID]\n' "$f" > "${f%.*}.txt"
done

引用自：https://unix.stackexchange.com/questions/550681