Linux

如何使用 wget/curl 通過命令行下載 ebi fastq 連結

  • June 4, 2019

我有大量數據(fastq)要從 ENA 數據庫下載。

Example: ERS076383 ERS012262 ERS160574 ERS349280 etc

Link to download via browser: 

https://www.ebi.ac.uk/ena/data/warehouse/filereport?accession=ERS076383&result=read_run&fields=fastq_ftp&download=txt

現在我將連結以替換 accession= 以下載相應的 txt 然後我將使用 wget 下載與 fastq 關聯的每個 ftp 連結。但我無法通過 wget 下載它。

i tried: 

wget https://www.ebi.ac.uk/ena/data/warehouse/filereport?accession=ERS076383&result=read_run&fields=fastq_ftp&download=txt
[1] 61380
[2] 61381
[3] 61382

Redirecting output to 'wget-log'....

但它不起作用。

您需要將網址放在引號中,如下所示:

wget 'https://www.ebi.ac.uk/ena/data/warehouse/filereport?accession=ERS076383&result=read_run&fields=fastq_ftp&download=txt'

或轉義與號 ( \&)。

引用自:https://unix.stackexchange.com/questions/522695