加入兩個已排序的文件會出現錯誤： join: <file>:112855: is not sorted:
我想在linux中將一個變數從一個文件合併到另一個文件。第一個變數包含我要合併文件的名稱。
我已經使用 -f 和 -k 對兩個文件進行了排序：
sort -f -k 1,1 SCZ.N.tmp> SCZ.N.tmp.sorted和sort -f -k 1,1 1kg.tmp > 1kG.ref_file.sorted但是，當我使用此命令加入兩個文件時：
join -1 1 -2 1 SCZ.N.tmp.sorted 1kG.ref_file.sorted> SCZ.freq.joined我不斷收到錯誤 ’ join: SCZ.N.tmp.sorted:112855: is not sorted: chr1_100002155_D D I6 0.995112 0.0184 0.7897 87016 ’ 儘管如此，連接仍在繼續，大部分被合併。但是，我不確定我是否會因為文件之間的不匹配而失去一小部分案例，或者是因為對這些文件進行排序時出現問題。
有人知道我做錯了什麼嗎？我能做些什麼來避免這個錯誤？謝謝！
我也試過：
LANG=en_EN sort -f -k 1,1 SCZ.N.tmp> SCZ.N.tmp.sorted2和LANG=en_EN sort -f -k 1,1 1kg.tmp > 1kg.tmp.sorted2，然後加入使用：LANG=en_EN join -1 1 -2 1 SCZ.N.tmp.sorted2 1kg.tmp.sorted2> SCZ.freq.joined。但這並沒有解決它。
您正在使用 -f 選項對文件進行排序，作為與大小寫無關的鍵。
但是，join 需要按正常排序順序排列的鍵。
您應該將 -i 選項添加到命令行以進行連接，以使其忽略大小寫差異。
或者，在這兩種類型中都省略 -f 選項。
編輯：還在這裡找到了另一種可能性。對於排序和連接，欄位分隔符需要相同。看起來 sort 和 join 的預設值都是空格，但它可能是下一個障礙。