合併 gzip 文件的兩列並將合併的列替換為另一列

我有一個 gzipped 文件，看起來像這樣：

1 rs571093408 rs571093408 13380 C G

我想將第一列和第四列與:中間合併，並用新內容替換第二列，所以輸出如下所示：

1 1:13380 rs571093408 13380 C G

輸入是一個壓縮文件，我希望輸出文件被壓縮。

您可以使用命令列印 gzip 壓縮文件的內容zcat。

所以列印源文件file1.gz：

$ zcat file1.gz
1 rs571093408 rs571093408 13380 C G
2 rs200000002 rs222222222 12222 D E
3 rs300000003 rs333333333 13333 F K

一個班輪執行：

$ zcat file1.gz|awk '{print $1" "$1":"$4,$3,$4,$5,$6}'|gzip > file2.gz

列印結果文件file2.gz內容：

$ zcat file2.gz
1 1:13380 rs571093408 13380 C G
2 2:12222 rs222222222 12222 D E
3 3:13333 rs333333333 13333 F K

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更新。根據以下評論添加改進版本：

$ zcat file1.gz|awk '{$2=$1":"$4}1'|gzip > file2.gz

引用自：https://unix.stackexchange.com/questions/565575