修改 gff 座標而不改變 CDS 和外顯子座標

我正在嘗試更改我的 gff 中基因和 mRNA 的座標。我希望 CDS 和 mRNA 等其他條目不受我的程式碼的影響，並且仍然按我的輸出中的樣子列出。我使用的程式碼給了我語法錯誤。需要知道如何獲得所需的輸出。

我的輸入 gff：

Chr01  xyz     gene    210262  212819  .       -       .       ID=Chr01.g13944
Chr01  xyz     mRNA    210262  212819  .       -       .       ID=Chr01.g13944;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     CDS     210262  210528  .       -       0       ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     exon    210262  210528  .       -       .       ID=Chr01.g13944.exon4;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     CDS     210622  210728  .       -       2       ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     exon    210622  210728  .       -       .       ID=Chr01.g13944.exon3;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     CDS     210933  212121  .       -       0       ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     exon    210933  212121  .       -       .       ID=Chr01.g13944.exon2;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     CDS     212730  212819  .       -       0       ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz    exon    212730  212819  .       -       .       ID=Chr01B.g13944.exon1;Parent=Chr01B.g13944

期望的輸出：

Chr01  xyz     gene    210162  212919  .       -       .       ID=Chr01.g13944
Chr01  xyz     mRNA    210162  212919  .       -       .       ID=Chr01.g13944;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     CDS     210262  210528  .       -       0       ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     exon    210262  210528  .       -       .       ID=Chr01.g13944.exon4;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     CDS     210622  210728  .       -       2       ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     exon    210622  210728  .       -       .       ID=Chr01.g13944.exon3;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     CDS     210933  212121  .       -       0       ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     exon    210933  212121  .       -       .       ID=Chr01.g13944.exon2;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     CDS     212730  212819  .       -       0       ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz    exon    212730  212819  .       -       .       ID=Chr01B.g13944.exon1;Parent=Chr01B.g13944

awk -F '\t' '{if ($3 ~ /gene/ || $3 ~ /mRNA/) print $1,$2,$3,$4-100,$5+100,$6,$7,$8,$9 || if ($3 ~ /CDS/ || $3 ~ /exon/) print$0}' input.gff > out.gff

嘗試：

awk 'BEGIN{ FS=OFS="\t" }
($3=="gene" || $3=="mRNA"){ $4-=100; $5+=100 }1' infile

這只會改變“基因”和“mRNA”類型基因組的座標，而其他類型保持不變。

引用自：https://unix.stackexchange.com/questions/722703