需要在 sed 命令中指定數字

我有一個fasta文件，如下所示，

>accessory/4745/24/lake_sample_pv_strain_LH201_chromosome_Gene2509
ATGCTAG
>accessory/95/89.78/lake_sample_pv_strain_LH201_Gene125
TAGTCT

我需要accessory/numericals/numericals/從 fasta 標頭中刪除字元，所以我使用了以下命令，但它未能達到我的目的。

sed 's/accessory[/][0-9][/][0-9]//g' accessory.fasta

預期的輸出是

>lake_sample_pv_strain_LH201_chromosome_Gene2509
ATGCTAG
>lake_sample_pv_strain_LH201_Gene125
TAGTCT

請幫我解決這個問題。提前致謝。

您的正則表達式正在查找“ accessory/，然後是一個數字( [0-9])，然後是一個/”，這不會出現在您的文件中。您想搜尋一個或多個數字，並且您還想允許.哪個不是數字。因此，使用與原始邏輯相同的邏輯，您會想要這樣的東西：

$ sed -E 's/accessory[/][0-9.]+[/][0-9.]+[/]//' accessory.fasta
>lake_sample_pv_strain_LH201_chromosome_Gene2509
ATGCTAG
>lake_sample_pv_strain_LH201_Gene125
TAGTCT

請注意我沒有使用g修飾符，因為這在這裡沒有用，因為每行只有一個匹配項。

然而，這是不必要的限制。如果文件如您所見，您只想刪除所有內容，直到最後/一行：

$ sed -E 's|>.*/|>|' accessory.fasta 
>lake_sample_pv_strain_LH201_chromosome_Gene2509
ATGCTAG
>lake_sample_pv_strain_LH201_Gene125
TAGTCT

運算符可以將s///任何字元作為分隔符。因此，既然我知道我需要匹配/，我過去常常s|||避免需要逃避/.

如果您真的需要像原來的那樣限制，您可以簡化為：

$ sed -E 's|accessory/[0-9.]+/[0-9.]+/||' accessory.fasta 
>lake_sample_pv_strain_LH201_chromosome_Gene2509
ATGCTAG
>lake_sample_pv_strain_LH201_Gene125
TAGTCT

引用自：https://unix.stackexchange.com/questions/629861