Linux
多個文件上的 grep 問題並且沒有獲得所需的輸出
我在文件上使用以下命令根據 chr# （不同的染色體編號）提取幾行。這只是一個正在處理的文件。我有 8 個這樣的文件，對於每個文件，我必須對 chr(1to 22，然後是 chrX 和 chrY) 執行此操作，我沒有使用任何循環，我是單獨執行的，但是如果您看到我希望標題完好無損我的每一個輸出。如果我單獨執行，我會在輸出中獲得標題，但如果正在執行，但如果我將所有 8 個文件的腳本一起執行，就像腳本中的 8*24 命令一個接一個，輸出沒有任何標題。你能告訴我為什麼會這樣嗎？
#!/bin/sh # #$ -N DOC_gatk_chr #$ -cwd #$ -e err_DOC_gatk_chr.txt #$ -o out_DOC_gatk_chr.txt #$ -S /bin/sh #$ -M vivek.das@ieo.eu #$ -m bea #$ -l h_vmem=25G more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr1" > S_313_IPS_S7995.chr1.coverage more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr2" > S_313_IPS_S7995.chr2.coverage more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr3" > S_313_IPS_S7995.chr3.coverage more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr4" > S_313_IPS_S7995.chr4.coverage more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr5" > S_313_IPS_S7995.chr5.coverage more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr6" > S_313_IPS_S7995.chr6.coverage more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr7" > S_313_IPS_S7995.chr7.coverage more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr8" > S_313_IPS_S7995.chr8.coverage more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr9" > S_313_IPS_S7995.chr9.coverage我正在使用 qsub 將其作為作業執行，因此腳本的結構如下所示。如果我單獨執行命令，它會起作用，但如果我像這樣執行它們，標題不會列印在輸出文件中，即“;” 似乎不承認。我嘗試使用 qsub filename.sh 和 sh filename.sh 執行它。我發現使用 sh filename.sh 標頭會列印在控制台中。所以絕對是之前的命令’;’ 分號未寫入文件中。我怎樣才能擺脫這個問題。
期望的輸出：
Target total_coverage average_coverage IPS_S7995_total_cvg IPS_S7995_mean_cvg IPS_S7995_granular_Q1 IPS_S7995_granular_median IPS_S7995_granular_Q3 IPS_S7995_%_above_15 chr2:41460-41683 14271 63.71 14271 63.71 56 67 79 100.0 chr2:45338-46352 123888 122.06 123888 122.06 79 123 147 94.6 chr2:218731-218983 11653 46.06 11653 46.06 36 50 55 100.0 chr2:224825-225012 12319 65.53 12319 65.53 57 68 76 100.0 chr2:229912-230090 20983 117.22 20983 117.22 93 120 147 100.0 chr2:230947-231137 22386 117.20 22386 117.20 100 120 139 100.0 chr2:233074-233258 11710 63.30 11710 63.30 54 66 73 100.0 chr2:234086-234300 22952 106.75 22952 106.75 91 113 126 100.0 chr2:242747-242922 20496 116.45 20496 116.45 93 124 142 100.0 chr2:243469-243671 27074 133.37 27074 133.37 126 138 148 100.0但是沒有標題的輸出低於
chr2:41460-41683 14271 63.71 14271 63.71 56 67 79 100.0 chr2:45338-46352 123888 122.06 123888 122.06 79 123 147 94.6 chr2:218731-218983 11653 46.06 11653 46.06 36 50 55 100.0 chr2:224825-225012 12319 65.53 12319 65.53 57 68 76 100.0 chr2:229912-230090 20983 117.22 20983 117.22 93 120 147 100.0 chr2:230947-231137 22386 117.20 22386 117.20 100 120 139 100.0 chr2:233074-233258 11710 63.30 11710 63.30 54 66 73 100.0 chr2:234086-234300 22952 106.75 22952 106.75 91 113 126 100.0 chr2:242747-242922 20496 116.45 20496 116.45 93 124 142 100.0 chr2:243469-243671 27074 133.37 27074 133.37 126 138 148 100.0
你需要這樣的東西：
{ head -n1 S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary; grep "chr1" S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary; } >S_313_IPS_S7995.chr1.coverage或者
awk 'NR==1 || /chr1/' S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary >S_313_IPS_S7995.chr1.coverage問題是重定向只影響一個命令。為了獲得重定向的輸出
head和grep重定向，它們必須被分組。但awk這裡可能是更好的選擇。