在 Unix (OSX) 中管理包、目錄和 PATH
我是生物資訊學博士，主要是自學成才，現在我想清理各種目錄結構（即我的數據），但我也在考慮如何儲存我正在使用的各種生物資訊學軟體包。沒有接受過正規培訓，只上過一門 Unix 課程，我仍然不知道很多我認為是在“Unix 101”或類似內容中教授的。我做了一些Google搜尋，但我並沒有真正找到我的問題的答案，所以我想我會在這裡問他們。我正在使用 Mac，所以 OSX (Yosemite)，如果這很重要的話。
在下載和安裝我正在使用的各種軟體包時，我目前的解決方案是將完整下載的目錄複製到
/Users/sajber/software只是為了擁有所有文件make（如果適用；有時在下載的目錄中有現成的二進製文件）和然後將二進製文件複製到/Users/sajber/bin. 然後我將我的設置PATH為包含/Users/sajber/bin。我沒有使用任何形式的包管理軟體，所以我手動完成所有操作。這是多麼“錯誤”，我該如何改進它？人們通常做什麼，有什麼標準嗎？
我想像
/Users/sajber/software以前一樣保留所有包，而是將單個包添加PATH到PATH=$PATH:/Users/sajber/software/<package>. 當我開始的時候，我最初是這樣做的，但後來我PATH變成了一堆亂七八糟的路徑，很難在不犯錯誤的情況下改變，所以我改用了我目前的解決方案。現在我想到我可能只是改變.bash_profile，給每個包一個單獨的行（如上）以便於訪問，如果這是一個“更好”的解決方案。我還有一個
/Users/sajber/scripts用於存放各種 Python、R 和 bash 腳本的文件夾，它也被添加到PATH. 我Git在這個目錄中有一個用於版本控制的儲存庫。這是你應該做的事情嗎？對不起，如果這些問題都是非常基本的！我只是不知道在 Unix 環境中做事的標準方式是什麼，主要是自學成才。
同意這樣做沒有錯，有利也有弊。我發現區分我在本地開發的腳本和從其他地方獲得的程序很有用：
- 我在本地開發的腳本有我需要參考的更改歷史，而
- 我從其他地方獲得的程序由其他人維護（具有自己的更改歷史）。
由於“我的”腳本在它們執行的地方更新是最方便的，因此擁有多個 bin 目錄是有幫助的（無論如何對我來說）。
在我參與為我的程序創建包之前，我使用
/usr/local後者，做./configure && make && sudo make install並且大多數使用與 autoconf 相關的腳本的程序都預設使用此方案。
其他人當然會有自己的偏好：做最適合你的事情。