grep 模式與文件完全匹配，僅在第一列中搜尋

我有一個這樣的大文件：

denovo1 xxx yyyy oggugu ddddd
denovo11 ggg hhhh bbbb gggg
denovo22 hhhh yyyy kkkk iiii
denovo2 yyyyy rrrr fffff jjjj
denovo33 hhh yyy eeeee fffff

那麼我的模式文件是：

denovo1
denovo3
denovo22

我正在嘗試使用fgrep以僅提取與我的文件中的模式完全匹配的行（所以我想要denovo1但不是denovo11）。我嘗試使用-x完全匹配，但後來我得到了一個空文件。我試過：

fgrep -x --file="pattern" bigfile.txt > clusters.blast.uniq

有沒有辦法只在第一列中進行 grep 搜尋？

你可能想要-w旗幟 - 來自man grep

  -w, --word-regexp
         Select  only  those  lines  containing  matches  that form whole
         words.  The test is that the matching substring must  either  be
         at  the  beginning  of  the  line,  or  preceded  by  a non-word
         constituent character.  Similarly, it must be either at the  end
         of  the  line  or  followed by a non-word constituent character.
         Word-constituent  characters  are  letters,  digits,   and   the
         underscore.

IE

grep -wFf patfile file
denovo1 xxx yyyy oggugu ddddd
denovo22 hhhh yyyy kkkk iiii

要僅在第一列中強制匹配，您需要修改模式文件中的條目以添加行錨：您還可以使用\b單詞錨而不是命令行-w開關，例如patfile：

^denovo1\b
^denovo3\b
^denovo22\b

然後

grep -f patfile file
denovo1 xxx yyyy oggugu ddddd
denovo22 hhhh yyyy kkkk iiii

請注意，-F如果文件包含正則表達式而不是簡單的固定字元串，則必須刪除該開關。

引用自：https://unix.stackexchange.com/questions/169402