如果下一行以模式開頭，則刪除行

如果一行不以“a”“c”“t”或“g”開頭，我想刪除它，下一行以“>”開頭。在以下範例中，“`>seq3”被刪除。

輸入：

>seq1
actgatgac
>seq2
ctgacgtca
>seq3
>seq4
gtagctagt
>seq5
tgacatgca

預期輸出：

>seq1
actgatgac
>seq2
ctgacgtca
>seq4
gtagctagt
>seq5
tgacatgca

我試過 sed ( sed '/^>.*/{$!N;/^>.*/!P;D}'and sed '/^>/{$d;N;/^[aA;cC;gG;tT]/!D}') 但沒有成功。

你可以嘗試這樣的事情：

$ sed -e '$!N;/^>.*\n>/D' -e 'P;D' file
>seq1
actgatgac
>seq2
ctgacgtca
>seq4
gtagctagt
>seq5
tgacatgca

那是

• $!N用…維護一個兩行緩衝區P;D
• 尋找一個以換行符開頭並在換行符之後>有另一個的模式>
• 刪除到換行符

一個 awk 範例：

awk 'BEGIN {lasta="XXX"} {if ($0 !~ /^ *>/) printf("%s\n%s\n",lasta,$0);   lasta=$0;}'  fileNAME.txt

相當於

cat fileNAME.txt | awk 'BEGIN {lasta="XXX"} {if ($0 !~ /^ *>/) printf("%s\n%s\n",lasta,$0);   lasta=$0;}'

引用自：https://unix.stackexchange.com/questions/586151