用另一個文件的輸出查找和替換文本文件中的行

我有兩個文件 A 和 B。

File A
>Node1                  
...
>Node2
...

File B
>gb|KY551314.1| Influenza A virus (A/mallard/Idaho/AH0011522/2015(H7N7)) segment 
2 polymerase PB1 (PB1) and PB1-F2 protein (PB1-F2) genes, 
complete cds
Length=2316

>gb|KY561069.1| Influenza A virus (A/American green-winged teal/Missouri/15OS6591/2015(H11N9)) 
segment 1 polymerase PB2 (PB2) gene, complete 
cds
Length=2341

如何用文件 B 中的後續條目替換文件 A 的每個 NodeX 行？結果如下所示：

File A
>gb|KY551314.1| Influenza A virus (A/mallard/Idaho/AH0011522/2015(H7N7)) segment 2 polymerase PB1 (PB1) and PB1-F2 protein (PB1-F2) genes, complete ads Length=2316
...

>gb|KY561069.1| Influenza A virus (A/American green-winged teal/Missouri/15OS6591/2015(H11N9)) segment 1 polymerase PB2 (PB2) gene, complete ads Length=2341
...

一種方法awk：

awk 'NR==FNR && /^>Node/ {
   $0 = ""
   for(i=0; i<=4; i++) {
       getline s <ARGV[2]
       $0 = $0 s
   }
}
NR==FNR' FileA FileB

perl -lMautodie -pe 'BEGIN{ open FILE_B, "<", pop; }
  s/^>Node.*// && do{for my $k (0..3) { s/$/<FILE_B> =~ s|\n| |r/e }}
' FileA FileB

---

解釋

• Perl 選項：-l=> IFS=OFS=\n, -p=> 循環中讀取的隱式文件 + 自動列印記錄。
• autodie包括編譯指示以救助錯誤。
• 打開文件B
• 對於 FileA 開頭的行匹配 >Node，我們讀取 FileB 4 次並刪除換行符。

引用自：https://unix.stackexchange.com/questions/365231