循環遍歷具有唯一標識符的文件併計算累積和

我有一個大文本文件，如下所示，其中 column1-colum3 定義一個區域，第四列是唯一標識符。第 6 列分配了區域的值。

chr6    26204834    26204839    region1 +   119.862 chr6    26204834    26204835    +   0.982
chr6    26204834    26204839    region1 +   119.862 chr6    26204835    26204836    +   8.487
chr6    26204834    26204839    region1 +   119.862 chr6    26204836    26204837    +   2.664
chr6    26204834    26204839    region1 +   119.862 chr6    26204837    26204838    +   105.065
chr6    26204834    26204839    region1 +   119.862 chr6    26204838    26204839    +   2.664
chr18   72218300    72218307    region2 +   113.879 chr18   72218300    72218301    +   0.982
chr18   72218300    72218307    region2 +   113.879 chr18   72218303    72218304    +   1.357
chr18   72218300    72218307    region2 +   113.879 chr18   72218304    72218305    +   4.887
chr18   72218300    72218307    region2 +   113.879 chr18   72218305    72218306    +   1.706
chr18   72218300    72218307    region2 +   113.879 chr18   72218306    72218307    +   104.947

column7-column9 是 sub-region，其中 column11 是 sub-region 的賦值。

輸出：我想為每個標識符中的每個子區域分配累積總和。

cat input | grep region1 | awk '{ sum+=$11 } { print $0"\t"sum/$6 }'

這為一個標識符提供了正確的預期輸出

chr6    26204834    26204839    region1 +   119.862 chr6    26204834    26204835    +   0.982   0.00819276
chr6    26204834    26204839    region1 +   119.862 chr6    26204835    26204836    +   8.487   0.0789992
chr6    26204834    26204839    region1 +   119.862 chr6    26204836    26204837    +   2.664   0.101225
chr6    26204834    26204839    region1 +   119.862 chr6    26204837    26204838    +   105.065 0.977774
chr6    26204834    26204839    region1 +   119.862 chr6    26204838    26204839    +   2.664   1

同樣對於另一個標識符

cat input | grep region2 | awk '{ sum+=$11 } { print $0"\t"sum/$6 }' 


chr18   72218300    72218307    region2 +   113.879 chr18   72218300    72218301    +   0.982   0.00862319
chr18   72218300    72218307    region2 +   113.879 chr18   72218303    72218304    +   1.357   0.0205393
chr18   72218300    72218307    region2 +   113.879 chr18   72218304    72218305    +   4.887   0.0634533
chr18   72218300    72218307    region2 +   113.879 chr18   72218305    72218306    +   1.706   0.0784341
chr18   72218300    72218307    region2 +   113.879 chr18   72218306    72218307    +   104.947 1

我如何通過在數組中定義所有標識符並通過文本文件執行來自動執行此操作。

這是一種方法：

$ awk -vOFS='\t' '{ a[$4]+=$11/$6; print $0,a[$4]}' file 
chr6    26204834    26204839    region1 +   119.862 chr6    26204834    26204835    +   0.982   0.00819276
chr6    26204834    26204839    region1 +   119.862 chr6    26204835    26204836    +   8.487   0.0789992
chr6    26204834    26204839    region1 +   119.862 chr6    26204836    26204837    +   2.664   0.101225
chr6    26204834    26204839    region1 +   119.862 chr6    26204837    26204838    +   105.065 0.977774
chr6    26204834    26204839    region1 +   119.862 chr6    26204838    26204839    +   2.664   1
chr18   72218300    72218307    region2 +   113.879 chr18   72218300    72218301    +   0.982   0.00862319
chr18   72218300    72218307    region2 +   113.879 chr18   72218303    72218304    +   1.357   0.0205393
chr18   72218300    72218307    region2 +   113.879 chr18   72218304    72218305    +   4.887   0.0634533
chr18   72218300    72218307    region2 +   113.879 chr18   72218305    72218306    +   1.706   0.0784341
chr18   72218300    72218307    region2 +   113.879 chr18   72218306    72218307    +   104.947 1

訣竅是使用區域標識符作為關聯數組的鍵（a在本例中為 ）。然後，您可以在讀取文件時增加與該鍵關聯的值。

引用自：https://unix.stackexchange.com/questions/669878