根據公共列合併兩個文件並將文件2中不存在的文件添加0

我想合併兩個共享一些通用數據的文件。文件 1 包含的內容多於文件 2。我想按照文件 1 的順序根據它們的共享列合併文件，並且當文件 2 中不存在變數時，我想將 0 添加到第 5 列（AN1）。

我的文件如下所示： 文件 1

CHR BP  SNP CM  base
20  61098   rs6078030   -0.00024510777  1
20  61795   rs4814683   0   1
20  63231   rs6076506   0.0005026053    1
20  63244   rs6139074   0.00050714752   1

文件 2

CHR BP  SNP CM  AN1
20 9836704 rs221007 0 1
20 9817032 rs221011 0 1
20 9764069 rs2206484 0 1
20 9639395 rs4816159 0 1

我想根據第 3 列（SNP）匹配它們。我想暫時保留所有其他列。

我想要的輸出看起來像這樣（當 rsX 不存在時為 0）：

文件 3

CHR BP  SNP CM  base AN1
20  61098   rs6078030   -0.00024510777  1   1
20  61795   rs4814683   0   1   1
20  63231   rs6076506   0.0005026053    1   1
20  63244   rs6139074   0.00050714752   1   1

我認為我需要在不止一個步驟中執行此操作。我嘗試使用 awk 進行第一步，但它只創建空文件。

awk -F' ' 'NR==FNR{e[$1$2]=1;next};e[$1$2]' file1 file 2 > file 3
awk -F' ' 'NR==FNR{e[$1$2]=1;next};e[1$2]' file2 file 1 > file 3

我想最後一步將是join file1 file 2 > file 3。

awk 'NR==FNR{ snp[$3]; next }
{ $6=($3 in snp)?(FNR==1?"AN1":"1"):"0" }1' file2 file1

引用自：https://unix.stackexchange.com/questions/637471