如何安裝 R 的開發工具並進行數字化？

我需要devtools因為我需要函式install_github來在這里安裝非 CRAN 包digitize 。我安裝了R

sudo apt-get install r-cran-robustbase

正如 terdon 的回答所建議的那樣，我沒有立即安裝 R 的軟體包，但我可以更正權限：

sudo chmod 755 /usr/lib/R/site-library/

我認為這是預設設置。然後我不得不按照 rcs 的回答建議，成功安裝devtools，tpoisot/digitize但只能使用

sudo apt-get install libssl-dev
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
R
install.packages('httr')
install.packages('git2r')
install.packages('devtools')
library(devtools)
install.packages('readbitmap')
install_github('tpoisot/digitize')

最後一條命令的輸出可以是

Skipping install for github remote, the SHA1 (d16e28b9) has not changed since last install.
 Use `force = TRUE` to force installation

做install_github('tpoisot/digitize', force = TRUE)，但你可能會得到

...
'/usr/lib/R/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet  \
 CMD INSTALL '/tmp/RtmpX8eOLX/devtools57475d25a113/tpoisot-digitize-d16e28b'  \
 --library='/usr/local/lib/R/site-library' --install-tests 

Error: ERROR: no permission to install to directory ‘/usr/local/lib/R/site-library’
Error: Command failed (1)

如果沒有sudo. 照樣做sudo R，重複同樣的事情，你會得到

...
'/usr/lib/R/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet  \
 CMD INSTALL '/tmp/RtmpAlAT4e/devtools57e864e8c490/tpoisot-digitize-d16e28b'  \
 --library='/usr/local/lib/R/site-library' --install-tests 

* installing *source* package ‘digitize’ ...
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (digitize)

添加masi到現有組staff以在沒有sudoin的情況下工作R；您還需要全新安裝

sudo usermod -a -G staff masi

安裝測試

1. 我按照這裡的指南。我從沒有開始並R在這裡使用他們的測試圖像。$HOME/Pictures/``sudo
2. 用滑鼠選擇軸中的四個點cal = digitize::ReadAndCal('Rintro-snail1.jpg')

3. 執行data.points = digitize::DigitData(col = 'red')並手動選擇作為您的數據點的點

4. 我通過第二次點擊關閉了繪圖視窗。
5. 做df = digitize::Calibrate(data.points, cal, 0.1, 0.4, 0.0, 0.6)和看df

      x  y
1  71.50 NA
2  65.65 NA
...
24 26.80 NA

正在做head(df)

     x  y
1 71.50 NA
2 65.65 NA
3 64.60 NA
4 60.85 NA
5 59.05 NA
6 58.15 NA

安裝細節

• 在R和沒有sudo

> .Library
[1] "/usr/lib/R/library"
> > .libPaths()
[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"      
[3] "/usr/lib/R/library"  

• ls /usr/lib/R/library/沒有列出的命令devtools。為什麼？

base       compiler   grid        methods   rpart    survival
boot       datasets   KernSmooth  mgcv      spatial  tcltk
class      foreign    lattice     nlme      splines  tools
cluster    graphics   MASS        nnet      stats    translations
codetools  grDevices  Matrix      parallel  stats4   utils

• 命令ls -la /usr/local/lib/R/

total 12
drwxrwsr-x 3 root staff 4096 touko 19 22:25 .
drwxr-xr-x 5 root root  4096 touko 19 22:25 ..
drwxrwsr-x 2 root staff 4096 touko 19 22:25 site-library

• 命令ls -la /usr/local/lib/

total 20
drwxr-xr-x  5 root root  4096 touko 19 22:25 .
drwxr-xr-x 14 root root  4096 touko 19 22:13 ..
drwxrwsr-x  4 root staff 4096 huhti 21 01:13 python2.7
drwxrwsr-x  3 root staff 4096 huhti 21 01:08 python3.5
drwxrwsr-x  3 root staff 4096 touko 19 22:25 R

• 命令R_LIBS_USER="/usr/local/lib/R/site-library/" R

R version 3.2.3 (2015-12-10) -- "Wooden Christmas-Tree"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
...

• library(devtools)被載入

差分工具

• 這個項目更受歡迎，可以更好地工作 https://github.com/markummitchell/engauge-digitizer

以前的錯誤的原因

• 無清潔系統：從 14.04、15.10 等升級的系統。
• 由於以前的事情而搞砸了權限/所有者。
• 過程中自己的錯誤。
• 在失敗的情況下沒有備份。
• …
• 缺少文件

系統：全新安裝的 Ubuntu 16.04 64 位

硬體：Dell PC 2013，Macbook Air 2013-mid，…

httr導入openssl需要作為系統要求的包libssl-dev（sudo apt install libssl-dev）

------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because openssl was not found. Try installing:
* deb: libssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
...

該curl軟體包需要作為系統要求libcurl4-openssl-dev：

------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because libcurl was not found. Try installing:
* deb: libcurl4-openssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
...

因此，要安裝，您需要執行：

sudo apt-get install libssl-dev
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

然後使用 and 啟動一個 R shell sudo R：

install.packages('httr')
install.packages('git2r')
install.packages('devtools')
library(devtools)
install_github('tpoisot/digitize')

引用自：https://unix.stackexchange.com/questions/281674